环状RNA芯片技术服务

     环状RNA（circRNA）是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA；也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征，使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性内源RNA（ceRNA），即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外，一些内含子类型的环状RNA（ciRNA）会促进宿主基因的转录。

    为了能够更好地研究circRNA，美国Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的最新顶尖文献，所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证，以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。

*图释：详细的circRNA注释：1）与circRNA对应的线性mRNA信息；2）circRNA上匹配度比较好的保守miRNA的结合位点。

*图释：定量可靠的转录本比例与测序深度关系图。RNA测序一般产生低于30M mRNA reads（蓝圈），低于0.5M circular junction reads（红圈），真正得到有效检测的circular junctions低于5%。（Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics [PMID 21685096].）

康成生物环状RNA芯片技术服务主要实验流程
    1. 样品RNA抽提
   • 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
   • 实验对象为细胞样品，每份样品取1×10⁶～1×10⁷细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂TRIzol，裂解后抽提RNA。
    2.  RNA质量检测
  • 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
  • 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。
  • 提供RNA QC报告。
    3. RNase R处理
    4. cDNA/aRNA样品合成和标记
    5. 标记效率质量检测
  • 使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
    6. 芯片杂交
  • 在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
    7. 图像采集和数据分析
  • 使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
    8. 提供实验报告：
  • Scanning Image: Cy3荧光扫描图像；
  • Scatter Plot: 散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值，表示信号数据总体分布趋势；
  • Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据；
  • Normalized Data: 经过统计学方法标准化后数值；
  • P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该circRNA在两组样本间差异表达越显著；
  • Significant Up & Down Regulated CircRNA List: 显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value以及circRNA的详细注释信息（相应的线性mRNA和miRNA结合位点）。

康成客户实例——Arraystar环状RNA芯片

上海康成生物工程有限公司 

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